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呕吐毒素的检测方法有薄层色谱法（TLC） 、高效液相色谱法（HPLC） 、柱净化法结合电子捕获检测器的气相色谱法（GC/ECD）、高效液相色谱串联质谱法（HPLC-MS/MS） 、放射性免疫测定法（RIA）等; Casale等则提出了酶联免疫（ELISA）检测方法 。在中国 ，魏润蕴等提出了采用甲醇-水提取 ，以XAD-4柱净化，双向展开的薄层色谱检测方法及气相色谱法;郭玉凤等提出了使用PIB-CI（氯化聚异丁烯）衍生化的液相色谱检测方法;阳传和等提出了酶联免疫吸附的测定方法;张鹏等提出了采用免疫亲和柱（IAC）或多功能净化柱（MFC）净化结合高效液相色谱法 。 薄层色谱法（TLC）是GB/T5009.111-2003采取的谷物及其制品中呕吐毒素的检测方法，其检测限为1mg/kg。适用于谷物（小麦 、玉米、大麦等）及其制品（蛋糕、饼干 、面包等）和中呕吐毒素的测定 。谷物及其制品中的呕吐毒素经乙腈-水（84:16 V/V）提取 、净化、浓缩和硅胶G薄层展开后 ，加热薄层板 。在制备薄层板时加入三氯化铝 ，使DON在波长365nm紫外光下显蓝色荧光，与标准比较。薄层色谱法TLC虽然操作简便 ，曾被广泛应用 ，但是，处理样品时工作量大；在检测过程中操作人员必须直接接触标准品 ，危害到操作人员的身体健康 ，而且本方法在提取过程中需要使用大量的有机溶剂，这样就会对周围环境也会产生不利影响；灵敏度差 ，提高灵敏度必须改进样品的提取和净化方法 ，改进和提高薄层色谱分析性能，这样就增加了劳动强度和检测成本。
呕吐毒素HPLC谱图参考资料 。
DON经HPLC分离后可用荧光检测器（fluorescencedetector ，FLD） 、紫外检测器（ultravioletdetector ，UV） 、二极管阵列检测仪（diodearraydetector，DAD）检测 。实验证明，DAD比FLD的效果好：不需衍生；DAD最低检出限比FLD要低；DAD检测比FLD响应强。2001年Mateo使用DAD的最低检出限可达5μg/kg ，而FLD的最低检出限为25μg/kg 。谷物中DON的HPLC-UV的最低检出限可达100～1600μg/kg；HPLC-MS可达1240μg/kg；HPLC-FLD可达20μg/kg 。运用气相色谱检测DON需要通过DON上的三个羟基使之衍生成为七氟丁酰（heptafluorobutyryl ，HFB）、三氟乙酰（trifluoroacetyl，TFA） 或三甲基硅烷（trimethylsilyl ，TMS） 化衍生物。
高效液相色谱法（HPLC）和气相色谱（GC）可以精确地对样品中的呕吐毒素进行定性定量分析 。测定DON需进行衍生化 ，通过三甲硅烷衍生物，利用电子捕获检测器进行定量分析 ，操作繁琐 、重现性较差 。而且这两种方法所需色谱仪 、检测器等价格昂贵 ，而且样品前处理比较复杂，操作时需要专门的技术人员 ，不便推广应用。另外 ，它们也不适合大批量样品的检测 。 免疫酶技术（EIA）根据抗原抗体反应后是否需要分离结合的与游离的酶标记物而分为均相（homogenous）和异相（heterogenous）两种类型 。在异相法中，又包括液相异相酶免疫测定和固相酶免疫测定二种。固相酶免疫测定也称为ELISA ，是临床检验中应用较广的免疫测定方法 。小分子的ELISA测定法一般有三种竞争分析模式：包被特异性抗体直接竞争法、包被抗原直接竞争法以及间接竞争法（也称为抑制性测定法） 。间接竞争ELISA法的基本步骤是：包被完全抗原——同时加入已知抗体和待测抗原——加入酶标二抗——加入底物显色液。该法主要应用于未知抗原的检测。
酶联免疫吸附法（ELISA）快速 、灵敏 、准确、可定量 、操作简便 、无需贵重仪器设备 ，且对样品纯度要求不高，特异性强，特别适用于大批量样品的检测 ，发展非常迅速 。简化了样品预处理和纯化过程 。但是由于免疫酶的活性非常不稳定 ，在应用过程中很容易受到操作条件的影响，反应试剂需低温保存。在实际操作过程中很难达到这一要求 ，使得免疫酶的活性大大降低 ，从而影响到结果的准确性 。应用时还必须通过多次洗涤，才能使反应产物和游离底物进行分离 ，影响到结果的重复性 ，而且检测时间较长，无法满足现场快速检测的要求 。
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